Cytoscape官方版 v3.10.4

Cytoscape官方版 v3.10.4 是一款图形化显示、编辑并分析网络的软件，安装包 219.94MB，支持导入制表符分隔的文本文件、CSV、Excel 等多种格式的网络数据，内置 NetworkAnalyzer 分析工具和可扩展的统计信息对话框，界面语言为英文，适合需要把网络关系画出来再往下做统计的科研与数据分析场景。

制表符文本和 Excel 都能当网络输入

做网络分析最花时间的一步往往是整理数据。Cytoscape 对输入格式的要求放得很宽：用 Tab 分隔的纯文本文档可以直接作为网络数据源，Microsoft Excel 文件和 CSV 同样在支持之列。节点表、边表整理好之后导入，软件负责把行列数据还原成一张可视化的网络图，数据是什么结构，图就长成什么样。

手头暂时没有数据文件的时候，编辑器模块可以直接构建网络，节点和连线一条条加进去，边画边调整位置，小规模的演示网络从这个入口起步最快，画完再导出也没问题。

NetworkAnalyzer 把网络结构算清楚

图只是画出来还不算完，分析才是重头。NetworkAnalyzer 承担网络结构的统计计算，既可以选择分析整个网络，也能只针对节点的子集来算；批次分析把多张网络排队处理，统计信息也支持单独加载。计算结果通过可扩展的对话框界面逐项展示，不用在多个窗口之间来回翻找。

• 整个网络或节点子集均可作为分析对象；
• 批次分析支持多张网络排队处理；
• 绘制参数可以从统计信息直接生成样式。

算出来的各项数值接着就能用在画面上：按统计结果生成样式，值高值低的节点在颜色和尺寸上拉开差别，哪一块是网络的重心扫一眼就有数，不必对着表格逐行核对。

节点表边缘表把参数存住

网络里每个节点的属性、每条边携带的数值，分别落在节点表和边缘表里存储，表里的参数与画面绑定。嵌套网络的支持让大项目可以拆成多层结构来组织，不必把所有内容压进同一张图。

批量任务的管理有一整套配套组件：合并流程、作业状态监视器、命令行对话框、执行命令文件各司其职，选定的节点和带有选项的选定节点都可以作为命令的输入类型。需要程序化操作时，Cytoscape 和 OpenCL 的组合用得上 GPU 的渲染能力，Cytoscape.js 与 Cytoscape 自动化接口则把网络分析接进自己的流程。应用管理器里按需安装扩展，风格、命令工具、渲染引擎、导出数据的入口集中摆放，用熟之后找东西不费劲。

使用方法

• 在口袋网下载软件安装包，双击运行后跟随安装向导走，稍等片刻即可完成安装；
• 启动后先用快速游览功能把界面结构过一遍；
• 通过导入菜单指向准备好的制表符文本或 Excel 文件；
• 确认节点列与边列的对应关系，网络图随即渲染出来；
• 打开 NetworkAnalyzer 对当前网络执行分析；
• 在风格面板调整样式，再从导出数据入口保存结果。

219.94MB 的安装包里带着完整运行环境，装好后即可启动，处理上万节点的网络前先把可用内存留够，渲染和分析才走得顺畅。

3.10.4 维护版本改了什么

这一版属于维护版本。从 Cytoscape Web 界面打开某个网络时集合名称被错误设置的问题已经修复；关闭会话前打开显示任务导致样式异常的漏洞得到处理；重新加载后移动一组节点出现的故障也一并解决。布局设置对话框里的仅对所选节点应用布局功能改成独立按钮，按钮上写着仅对所选节点应用，用途一目了然。其余更新包括组折叠展开的稳定性提升、方程构建器对话框的修复、各网络间列名规则的统一、Linux 环境下 LayoutSettingsDialog 报错的处理，以及 JavaFX 升级到最新版本。